زندان اسکندر در یزد در سال ۶۳۱ هجری قمری توسط عارف معروف ضیاءالدین حسین رضی بنا گردید و در سال ۷۰۵ ه.ق توسط پسرانش مجدالدین حسن و شرف‌الدین علی تکمیل شد.
از بخش‌های زندان اسکندر می‌توان به وجود چاهی با قطری حدود ۲ متر در وسط حیاط این مدرسه ضیائیه اشاره نمود که به سردابی به عمق حدود ۵ متر منتهی می‌گردد، ارتفاع گنبد این بقعه به ۱۸ متر می‌رسد و دارای گچبری‌های و تزئینات زیبائی با آبرنگ طلائی و لاجوردی بوده که بخش اعظم آن از بین رفته‌است.
در مورد بنای زندان اسکندر روایت‌هایی مطرح می‌باشد که قدمت ساخت آن را به زمان حمله اسکندر مقدونی به ایران نسبت می‌دهد که از این بنا به عنوان زندان استفاده می‌گردیده که بعدها تغییر کاربری داده و به عنوان مدرسه ضیائیه مورد استفاده قرار گرفته‌است.
بنای راز آمیز زندان اسکندر در محله فهادان یزد از کهن‌ترین محله‌های این شهر است که در قدیم به شهرستان شهرت داشته قرار دارد.
بنای مدرسه ضیائیه یزد دارای حیاطی است که سه ایوان در پیرامون و اطراف آن قرار دارد. گنبد خانه ای قدیمی و کهن در گوشه‌ی حیاط با ارتفاع زیاد قرار دارد که متعلق به سده‌ای هفتم هجری قمری است.
کارشناسان میراث فرهنگی معتقدند هویت واقعی این بنا مشخص نیست اما به زندان اسکندر و مدرسه ضیاییه، اثر مولانا حسین رضی هم معروف است. این بنا حدود ۸ قرن قدمت دارد و در یزد در مجاورت بقعه دوازده امام قرار گرفته است.